Thành phố được thành lập vào năm 1963 trên cơ sở sáp nhập 5 thành phố nhỏ. Cùng năm, Kitakyushu được công nhận là đô thị quốc gia.

Thành phố Kokura (Hán Việt: Tiểu Thương), một trong năm thành phố trước đây hợp thành Kitakyushu từng là mục tiêu ném bom nguyên tử của Mỹ trong Chiến tranh thế giới thứ hai. Tuy nhiên, vì ngày 9 tháng 8 năm 1945, bầu trời thành phố nhiều mây, nên Nagasaki vốn chỉ là mục tiêu dự bị, đã bị tấn công bằng bom nguyên tử thay cho Kokura.